福建生物工程职业技术学院有马克思主义学院、中药系、药学系、健康食品系、康复保健系、健康管理系、公共基础部等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。
1、院系设置
马克思主义学院中药系药学系健康食品系康复保健系健康管理系公共基础部
2、福建生物工程职业技术学院简介
福建生物工程职业技术学院（Fujian Vocational College of Bio-engineering）是一所隶属福建省教育厅，以培养生物医药、健康食品、康复养护、医学技术、健康管理高级技术技能人才为主的公办全日制高等职业院校。
学校前身是创办于1980年5月的福建医药学校；2005年5月组建为福建生物工程职业技术学院。学校是中国医药教育协会中医药技术传承专业委员会主任委员单位、全国食药行指委技能竞赛工作委员会主任委员单位，是全国首批“现代学徒制”试点学校、“1+X”老年照护职业技能等级证书试点学校，是“金陵康复医学教育联盟”成员，是全国中医药保健服务国家标准研发及专业人才培训基地。
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