学校形成了国家、省、学校三级重点学科体系，基本实现了湖南省建设教育强省规划中对高校重点学科建设的要求，并形成了鲜明的中医药学科特色与优势。有国家重点学科1个，国家中医药管理局重点学科23个，湖南省重点学科10个，其中湖南省优势特色重点学科2个。中医诊断学在本学科研究领域居国内领先水平。学校的优势科研项目有病证诊疗标准化与客观化研究，中药超微技术与创新药物研究，针灸——经络原理研究，妇科血症研究，中药材育种、栽培、管理、标准化研究，心脑血管病、肝病、肿瘤、糖尿病、眼底病、免疫性疾病等疑难重大疾病的防治研究，并打造了相应的科技创新团队。